Для организации и осуществления государственной и иной службы в составе Московского городского казачьего общества сформированы структурные подразделения по направлениям.

Управление общественной безопасности (УОБ) МГКО планирует, организует и осуществляет руководство деятельностью по охране общественного порядка, профилактике правонарушений и противодействию незаконного оборота наркотиков, силами структурных подразделений МГКО:

 Отдельный отряд патрульной службы (ООПС) МГКО, осуществляет свою деятельность в соответствии с  договорами «О несении государственной службы по охране общественного порядка». 

Специализированная народная дружина казаков (СНДК), входящая в состав Московской городской народной дружины  и действующая на основании Положения;

Казачий отряд быстрого реагирования (КОБР) МГКО;

Оперативный отряд "БУЛАТ" МГКО;

Казачья поисково-спасательная группа МГКО. 

Управление военно-патриотического воспитания, допризывной и вневойсковой подготовки (УВДВп) планирует, организует и осуществляет руководство деятельностью по допризывной и вневойсковой подготовки членов казачьих обществ, силами структурных подразделений МГКО:

Отдел методического обеспечения УВДВп

«1-я учебная воздушно-десантная сотня Центрального казачьего войска «Беркут» МГКО;

«2-я учебная сотня Центрального казачьего войска имени Героя Советского Союза генерала Л.М. Доватора» МГКО;

«3-я учебная сотня Центрального казачьего войска «Сокол» МГКО;

«4-я учебная сотня Центрального казачьего войска имени атамана генерала М.И. Платова» МГКО;

«5-я учебная пластунская сотня Центрального казачьего войска» МГКО;

«7-я учебная сотня Центрального казачьего войска»МГКО;

«332-я учебная Митинская воздушно-десантная сотня Центрального казачьего войска» МГКО;

«345-я учебная воздушно-десантная сотня Центрального казачьего войска» МГКО.